Төрийн өмчит Улаанбаатар их сургуулийн сургалтын үйл ажиллагааг 2015-2016 оны хичээлийн жилээс эхлэн бие даалган зохион байгуулж ажиллуулж, одоогийн орон тоонд багтаан өөрчлөн зохион байгуулах арга хэмжээ авч, сургалт эрхлэх зөвшөөрөл олгохыг Боловсрол, соёл, шинжлэх ухааны сайд Л.Гантөмөрт даалгалаа. Монгол Улсын их сургуулийн балансаас Улаанбаатар их сургуулийн барилга, эд хөрөнгө, холбогдох техник, тоног төхөөрөмжийг тухайн сургуулийн балансад шилжүүлэхийг Төрийн өмчийн хорооны дарга Ц.Нанзаддоржид үүрэг болголоо.

Дээд боловсролын салбарт бүтэц, зохион байгуулалтын өөрчлөлт хийх зорилгоор Засгийн газрын 2010 оны “Төрийн өмчийн дээд боловсролын сургалтын зарим байгууллагыг өөрчлөн байгуулах тухай” 15 дугаар тогтоол батлагдаж, энэ өөрчлөлтөөр бие даан үйл ажиллагаа явуулж байсан Улаанбаатар их сургуулийг Монгол Улсын их сургуульд нэгтгэхээр шийдвэрлэсэн байна. Гэвч Улаанбаатар их сургуулийн цөөн чанартай судлаач бэлтгэдэг, суурь судалгааны чиглэлээр сургалт эрхэлдэг онцлог нь алдагдах, гадаад харилцааны хэрэгжилт саарах, эрдэм шинжилгээ-сургалт-үйлдвэрлэл гэсэн сургалтын гол бодлого нь МУИС-ийн бодлоготой зөрчилдөх зэрэг сөрөг үйдлүүд гарчээ. Иймээс БСШУЯ энэ асуудлыг судлаад, тус сургуулийг эргэн бие даан ажиллуулах нь зүйтэй гэж үзжээ.