Засгийн Газрын 2010 оны 15 дугаар тогтоолоор төрийн өмчийн хэд хэдэн их, дээд сургуулийг нэгтгэсэн. Гэвч Засгийн газрын 2013 оны 161 тогтоолоор зарим сургуулийг буцааж бие даасан статустай болгосон боловч Худалдаа, үйлдвэрлэлийн дээд сургуулийг хэвээр үлдээсэн юм. Монголдоо худалдааны чиглэлээр мэргэшсэн цорын ганц сургуулийг шинэчлэл нэрийн дор МУИС-тай нэгтгэж тэр ч байтугай сургуулийнх нь хичээлийн байрыг өөр сургуульд шилжүүлсэн. Хөтөлбөрийг нь  МУИС-ийн бусад сургуульд тарааж, татан буулгах болсныг  сургуулийн хамт олон эсэргүүцэж хэвлэлийн хурал хийлээ.

МУИС-ийн захирал асан С.Төмөр-Очир Засгийн газрын 15 дугаар тогтоолыг хэрэгжүүлэх зорилгоор бүтцийн өөрчлөлтийн тухай тушаал гаргаж Худалдааны сургуулийн хичээлийн нэгдүгээр байрыг Геологи, газарзүйн сургуульд шилжүүлж, сургалтын зургаан гол хөтөлбөрийг МУИС-ийн бусад сургуульд шилжүүлсэн аж. Мөн тус сургуулийг нэгтгэх явцад Худалдааны сургуулийн захирал Б.Батсайхан төсвийн хөрөнгийг дур мэдэн зарцуулах, өмч хөрөнгийг үрэгдүүлэх, завших зэрэг зохисгүй үйлдэл гаргасан гэлцэж байна. Түүнчлэн 2012 оны БСШУ-ны сайдын тушаалаар Баянхонгор дахь салбар сургуулийнх нь байрыг авч хувийн сургууль байгуулах зөвшөөрлийг нэр бүхий хүмүүст өгч ашиглуулах болсон зэрэг нь багш ажилчдын дургүйцлийг төрүүлжээ.

Худалдааны сургууль бол Монгол Улсын худалдаа, үйлдвэрлэл, нийтийн хоол, үйлчилгээний салбарыг  боловсон хүчнээр хангадаг Монгол Улсын ууган сургуулиудын нэг. Үндсэн ангиудаас гадна Хоол хүнс судлал, Бараа судлал-хяналт шалгалт, Хөнгөн хүнсний үйлдвэрлэлийн менежментийн мэргэжлийн ангийг нээж, сургалтын хүрээгээ улам өргөжүүлэхээр ажиллаж буй тус сургуулийн хамт олон эцэс сүүлдээ байр ч үгүй, сургалтын хөтөлбөр ч үгүй хоцрох нь хэмээн сэтгэл зовниж байна. Тухайлбал, сургалтын албаны эрхлэгч У.Мягмарсүрэн “Эрдмийн уурхай болсон Худалдааны сургуулийн нэр хүндийг сэргээж сургалтын үйл ажиллагаагаа хэвийн явуулах боломж олгож өгнө гэдэгт Шинэчлэлийн Засгийн газарт найдаж байна” хэмээн ярилаа.