Эрүүл мэндийн даатгалын ерөнхий газар нь өнөөдрийн байдлаар улсын болон хувийн хэвшлийн 2528 эрүүл мэндийн байгууллагатай гэрээ байгуулан ажиллаж байна. Үүнээс  төрийн өмчийн 72, хувийн хэвшлийн 190, рашаан сувилал 43, эмийн сан 1700, өрх, сум, тосгоны 523 эрүүл мэндийн байгууллагууд байна. 
Эрүүл мэндийн даатгалын үндэсний зөвлөлийн 2021 оны 03 дугаар тогтоол хэрэгжиж эхэлснээр иргэн-даатгуулагчид эрүүл мэндийн 16 төрлийн тусламж, үйлчилгээг төрийн өмчийн төрөлжсөн мэргэшлийн эмнэлгүүдээс гадна хувийн хэвшлийн гэрээт эмнэлгүүдээс авч, даатгалын хөнгөлөлт эдлэх боломжтой болсон. 

Иргэн-даатгуулагч Эрүүл мэндийн даатгалын ерөнхий газартай гэрээ байгуулсан ЭМБ-аас тусламж, үйлчилгээг авахдаа ЭМД-ын сангаас төлбөрийн хөнгөлөлт эдэлдэг бөгөөд тусламж, үйлчилгээний зардлыг өөрөөс гаргасан тохиолдолд эрүүл мэндийн даатгалын тухайн хуулийн 13 дугаар зүйлийн 13.1.8-д заасны дагуу тухай Эрүүл мэндийн байгууллагад үйлчлүүлсэн төлбөрийн баримтыг хавсарган өргөдөл гарган тусламж, үйлчилгээний зардлыг 30 хоногт буцаан авах боломжтой. Харин тухайн байгууллага буцаан олголтыг хуулийн хугацаанд шийдвэрлээгүй тохиолдолд Эрүүл мэндийн даатгалын ерөнхий газарт өргөдөл гаргах боломжтой юм. 

Өнөөдрийн байдлаар ЭМДЕГ-т буцаан олголттой холбоотой асуудлаар өргөдөл гаргасан 11 иргэн-даатгуулагчийн асуудлыг шийдвэрлэн даатгуулагчдын өөрөөс гаргасан эмчилгээний нийт зардал болох 7,896,342 төгрөгийг тухайн гэрээт ЭМБ-аар буцаан олгуулаад байна. 

Түүнчлэн ЭМДЕГ-аас  эрүүл мэндийн тусламж үйлчилгээ худалдан авах гэрээ байгуулсан боловч иргэн-даатгуулагчдаас тусламж, үйлчилгээний зардлыг гаргуулсан, гэрээг хэрэгжүүлэн ажиллаагүй зөрчлүүдийг гаргасан эрүүл мэндийн байгууллагуудад газар дээр нь  хяналт, шалгалтын ажлыг явуулж байна. Цаашлаад гэрээт байгууллагуудын зөрчлөөс хамааран гэрээг түр хугацаанд түдгэлзүүлэх, санхүүжилтийг хасах улмаар гэрээг цуцлах хүртэлх арга хэмжээг авах юм.